Le portage politique et technique de l'ONDES est effectué par France Universités et la Vice-présidence Égalité de l'Université Gustave Eiffel.

Pour officialiser la création de l'Observatoire, une convention a été signée le 26 août 2022 entre l'Université Gustave Eiffel et France Universités. Celle-ci prévoit notamment la création d'un groupe de travail « Discriminations », constitué à l'échelle de France Universités et en lien étroit avec les parties prenantes de l'Observatoire. Ce dernier permet aux établissements volontaires d’offrir le cadre de la co-construction d’une politique partagée de lutte contre les discriminations dans les universités et établissements d’enseignement supérieur et de recherche. Le groupe de travail produit des recommandations bénéficiant à l’ensemble des membres de France Universités.